Schutzgebiete
Entlang des Inn befinden sich zahlreiche Schutzgebiete nach nationalem bzw. nach europäischem Recht, welche den Erhalt des Inn und seiner Auen zum Ziel haben.
In der Schweiz sind insgesamt zwei Smaragdgebiete ausgewiesen. In Österreich und Bayern gibt es neun FFH-Gebiete und drei Vogelschutzgebiete, wobei sich FFH- und Vogelschutzgebiete zum Teil überlagern. Insbesondere in Bayern nehmen die FFH-Gebiete „Innauen und Leitenwälder“ sowie „Salzach und Unterer Inn“ weite Teile der Fließstrecke ein.
Smaragdgebiete (CH) und europäische Schutzgebiete (DE / Ö)
Smaragdgebiete
| Name | Land |
| Ardez | CH |
| Ramosch | CH |
FFH-Gebiete
| Name | Land |
| Innauwald bei Neubeuern und Pionierübungsplatz Nußdorf | BY |
| Innauen und Leitenwälder | BY |
| Inn und Untere Alz | BY |
| Salzach und Unterer Inn | BY |
| Innleite von Buch bis Simbach | BY |
| FFH-Gebiet Auwälder am Unteren Inn | OOE |
| Europaschutzgebiet Unterer Inn | OOE |
| Östlicher Neuburger Wald und Innleiten bis Vornbach | BY |
| Donau von Kachlet bis Jochenstein mit Inn- und Ilzmündung | BY |
Vogelschutzgebiete
| Name | Land |
| Salzach und Inn | BY |
| Vogelfreistätte Innstausee bei Attel und Freiham | BY |
| Europaschutzgebiet Unterer Inn | OOE |
Schutzgebiete nach Länderrecht:
Neben den europarechtlich geschützten Gebieten bzw. den Smaragdgebieten existieren in Tirol und Bayern einige Schutzgebiete nach Länderrecht.
| Name | Typ | Land |
| Milser Au | geschützter Landschaftsteil | Tirol |
| Silzer Innau | Sonderschutzgebiet | Tirol |
| Mieminger und Rietzer Innauen | Sonderschutzgebiet | Tirol |
| Gaisau | Naturschutzgebiet | Tirol |
| Kranebitter Innau | Sonderschutzgebiet | Tirol |
| Völser Au | geschützter Landschaftsteil | Tirol |
| Kufsteiner und Langkampfener Innauen | Naturschutzgebiet alter Prägung | Tirol |
| Vogelfreistätte Innstausee bei Attel und Freiham | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Vogelfreistätte Graureiherkolonie bei Au a. Inn | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Innleite bei Marktl mit Dachlwand | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Untere Alz | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Vogelfreistätte Salzachmündung | Naturschutzgebiet | Bayern |
| Unterer Inn | Naturschutzgebiet | Bayern |