Flussverbauung
Zur Landgewinnung für die Landwirtschaft sowie aus Gründen des Hochwasserschutzes wurden in den letzten 300 Jahren starke Verbauungen im Einzugsgebiet des Inn durchgeführt.
Dazu zählen umfangreiche Geschiebesperren an den Seitengewässern, die angelegt wurden, um den Schotter zurückzuhalten, den der Fluss mit sich führt. Dadurch kam es stellenweise zu massiven Eintiefung des Flusses. Damit einhergehend sank vielerorts auch der Grundwasserspiegel.
Die harten Verbauungen am Inn selbst haben die ehemals verzweigten, mit breiten Schotterbänken und Auwäldern gesäumten Ufer in einen gestreckten, kanalisierten Flusslauf verwandelt. Dadurch wurden Auen vom Hauptfluss abgeschnitten, verlandeten und wurden schließlich abgeholzt. Feuchtgebiete und Seen im Inntal trockneten mangels nötiger Wasserversorgung aus und verschwanden. Bekannte Beispiele für solche verloren gegangenen Lebensräume sind der Amraser oder der Völser See in der Nähe von Innsbruck, aber auch die ausgedehnten Feuchtgebiete im Unterinntal, etwa am Zusammenfluss von Inn und Ziller.
Später wurden durch die Errichtung von Flusskraftwerken (siehe oben) einschneidende Verbauungsmaßnahmen am Inn durchgeführt.
Durchgängigkeit
Der Inn ist über weite Strecken stark verbaut. Eine Besonderheit ist jedoch die verbliebe freie Fließstrecke in Tirol ohne Querbauwerke und Staudämme.
